Jako obránce se dvakrát trefil v reprezentaci v úžasném týmu okolo Pavla Nedvěda, v lize válel za Jablonec a Spartu, v Bundeslize za Hamburk a Mönchengladbach. Na většinu svých gólů vzpomíná Milan Fukal dodnes. „Pamatuju si třeba na dvě trefy, které jsem dal proti Teplicím doma, a za týden už jsem byl ve Spartě,“ ohlíží se. „Nasměrovaly mě v kariéře dál.“

Do ligového fotbalu se prosadil v dresu Jablonce. Zde nastupoval na postu pravého obránce či pravého záložníka. S Jabloncem si zahrál i Pohár UEFA. Talentovaného obránce s čichem na góly v posledních minutách si všimla pražská Sparta. Zde Milan Fukal hrával pravidelně v základu jak v domácí lize, tak v Lize mistrů.

V roce 2000 přestoupil do bundesligového Hamburku. Tady odehrál čtyři roky a pak přestoupil do Borussie Mönchengladbach, kde hrál dva roky. Nakonec se vrátil domu do Jablonce. Odehrál zde dvě sezóny a opět odešel do ciziny, do rakouského klubu Kapfenberger SV. V létě 2011 přestoupil do FC Hradec Králové, kde nosil kapitánskou pásku.

Milan Fukal zasáhl v letech 1996-1997 v dresu české reprezentace do 21 let do 7 utkání. V českém reprezentačním A-mužstvu odehrál v letech 1997-2003 19 zápasů a vstřelil 2 góly. Zahrál si na Konfederačním poháru FIFA v roce 1997 či na EURO 2000. Své obě reprezentační branky vstřelil na teplickém stadionu Na Stínadlech a to proti Švédsku a Austrálii.